まず、現在のパーティーションの確認

df -T

/dev/hda5 ext2 78945896 16033612 58902060 22% /
/dev/hda1 ext2 69973 8264 58096 13% /boot

ext2で動作中だと分かる

シングルユーザーモードに移行する
telinit 1

ジャーナルに設定する
tune2fs -j /dev/hda5
tune2fs -j /dev/hda1

viで「/etc/fstab」を開いて
「ext2」と書いてあるところを「ext3」に変更する

自動修復を切る
tune2fs -c 0 -i 0 /dev/hda1
tune2fs -c 0 -i 0 /dev/hda5

tune2fs -c 0 -i 0 /dev/sda1
tune2fs -c 0 -i 0 /dev/sda3

参考サイト
http://www.atmarkit.co.jp/flinux/rensai/fs04/fs04a.html