10.5のメールデータを
直接10.9へ移行してもうまくいかない。

10.5から10.7でデータ変換し
10.7から10.9へ移行するとOK

$HOME/Library/Mail
$HOME/Library/Preferences/com.apple.mail.plist

https://discussionsjapan.apple.com/message/100816414